На территории Центральной Азии насчитывается около 5600 озёр общей площадью 12197 км²[3]. Их абсолютное большинство представлено малыми водоемами с площадью менее 1 км², на которые приходится 95% общего числа и около 4% площади.

В генетическом отношении котловины горных озёр подразделяются на 4 основные группы: тектонические, гляциогенные, гидрогенные и завальные. Озёра тектонического происхождения образовались в результате заполнения водами межгорных тектонических впадин. В Кыргызстане эта группа озёр представлена наиболее крупными водоемами: Иссык-Куль, Сон-Кёль, Чатыр-Кёль. Эти озёра приурочены к бессточным котловинам и являются гигантскими испарителями речного стока. На самые крупные озёра Кыргызстана приходится более 55% площади водной поверхности озёр Центральной Азии.

Гляциогенные озёра обязаны своим происхождением деятельности как современного, так и древнего оледенения. Эти озёра занимают верхние этажи территории Тянь-Шаня. Их максимальное количество и площадь зеркала приходится на высотный интервал 4000 - 4500 м. Нижняя граница распространения гляциогенных озёр опускается до 2200 м.

Завальные озёра образовались в результате перегораживания речных долин обвалами или оползнями. Озёра этой группы расположены в интервале высот от 1700 до 3800 м. Как правило, они приурочены к геологическим разломам и сбросам, с которыми непосредственно связана активизация деятельности оползней и обвалов.

Озёра, котловины которых образовались в результате действия речных, подземных или морских вод, относятся к группе гидрогенных. К этой группе относятся провальные озёра, котловины которых сформировались в результате проседания земной коры под воздействием подземных вод. Это могут быть как карстовые, так и термокарстовые озёра. На Тянь-Шане термокарстовые озёра сосредоточены в узком интервале высот (3000 - 4500 м.), определяемом распространением зоны вечной мерзлоты. Наиболее крупные термокарстовые озёра располагаются на высотах около 3500 м в верховьях реки Нарын.

Одной из важнейших морфометрических характеристик озёр является площадь водной поверхности. По классификации П.В. Иванова, озёра Кыргызстана изменяются от «озерков» с площадью 0,01 км² до «очень больших» с площадью более 1000 км². К «большим» и «очень большим» относятся озёра тектонического происхождения: Иссык-Куль - 6247 км², Сон-Кёль - 270 км², Чатыр-Кёль - 161 км². Площади зеркала завальных озёр значительно меньше, и они относятся к «очень малым» озёрам. Это - Сары-Челек (4,92 км²), Кара-Суу (4,17 км²), Большой Кулун (3,28 км²), Кёльукок (1,60 км²), Каратоко (1,07 км²).

Состояние водных ресурсов гор является чутким индикатором современной изменчивости условий общей увлажненности обширных горных территорий аридной зоны.

Различия в климатических условиях высотных поясов гор весьма существенны. Интенсивность солнечной радиации возрастает на 10% на каждый километр высоты, однако длинноволновое излучение земной поверхности с высотой увеличивается еще быстрее, поэтому температура воздуха понижается в среднем на 0,6ºС на каждые 100 м. подъема в горы. Среднее количество осадков при тех же условиях увеличивается только до определенной высоты, затем (обычно выше снеговой границы) начинает уменьшаться. Обратно ходу осадков ведет себя испарение при увеличении абсолютной высоты. В результате изменения элементов климата в целом, происходящие с подъемом на 1 км. в горах, эквивалентны изменениям по широте на расстоянии более 1300 км[4].

Таким образом, с подъемом в горы происходит переход от аридных условий к гумидным. Наряду с этим проявляются соответствующие закономерности в развитии озёр и формировании гидрографической сети.

В связи с существенными климатическими различиями закономерности высотной поясности проявляются и в современном распределении озёр по высоте в горах и предгорьях. В зоне формирования стока (1500 - 5500 м.) располагается 41,2% всех озёр Центральной Азии или около 60% всей озёрной площади. В целом озёрность горной части Центральной Азии составляет 2,04%, что в 2 раза больше озёрности Кавказа (1,0%). В то же время наибольшей озёрностью обладают области внутреннего стока Восточного Памира, где озёрность составляет 5,4%[5].