Область рассеивания стока располагается непосредственно ниже области его формирования, занимая территорию предгорных долин и внутригорных впадин. Рассеивание стока происходит здесь за счет преобладания потерь на испарение над выпадением осадков и в результате широко развитого поливного земледелия. В области рассеивания стока одновременно происходит перераспределение стока поверхностного в подземный и наоборот. В этой зоне изменяется химический состав поверхностных вод, происходит их наиболее интенсивное загрязнение.

Естественный режим рек в области рассеивания стока сильно искажен за счет интенсивных водозаборов, весь поверхностный сток отводится в ирригационные системы, и русла многих рек пересыхают. Однако в зоне выклинивания подземных и возвратных вод с орошаемых полей реки получают дополнительное питание в виде так называемых «вторичных вод», общим объемом около 3,0 куб. км.

Реки Кыргызстана, как уже упоминалось, текут во всех направлениях и заканчиваются за его пределами слепыми концами или впадают в крупные бессточные озёра. Все реки делятся по бассейнам: Аральского моря, озёр Иссык-Куль и Чатыр-Кёль, реки Тарим, которая уходит в КНР и заканчивается также в бессточном озере. Реки Чу и Талас теряются в пустыне Моюн-Кум.

Основной водной артерией является р. Нарын, которая образуется от слияния Большого и Малого Нарына, берущих начало из мощных ледников окружающих хребтов. Принимая ряд притоков, из которых наиболее крупные Он-Арча, Ат-Баши, Кёкжерты, Ала-Буга, Кёкёмерен, Чичкан, Узун-Ахмат, Кара-Су (левая), Кара-Су (правая), она выходит в Ферганскую долину, где соединяется с Кара-Дарьей, образует р. Сыр-Дарью, впадающую в Аральское море. Река Кара-Дарья имеет ряд довольно крупных притоков: Кара-Кульджа, Яссы, Тентек­-Сай, Кугарт, Куршаб, Ак-Бура. В Ферганскую долину с окружающих хребтов стекают реки, относящиеся к бассейну Сыр-Дарьи, но которые до нее не доходят, поскольку полностью разбираются на орошение: Падыша-Ата, Гава-Сай, Исфайрам-Сай, Шахимардан, Сох, Исфара, Ходжабакирган, Ак-Суу. В пределах Кыргызстана формируется сток р. Чаткал, главной составляющей р. Чирчик.

Главная река северного Кыргызстана - Чу, сток которой формируется в Кочкорской впадине от слияния рек Джуанарык и Кочкор. Минуя оз. Иссык-Куль и прорезав узкое Боомское ущелье, р. Чу выходит в одноименную долину, где принимает ряд крупных и мелких притоков: Чон-Кемин (справа) и левые притоки Кызыл-Суу, Шамси, Кегеты, Иссык-Ата, Аламедин, Ала-Арча, Ак-Суу, Сокулук, Кара-Балта, Чон-Каинды, Аспара и другие, стекающие с северного склона Кыргызского хребта.

В пределах межгорной Таласской впадины формируется р. Талас с притоками Уч-Кошой, Колба, Беш-Таш, Урмарал, Кара-Бура и др.

Бассейн оз. Иссык-Куль - обособленный, бессточный. В озеро впадает около 115 рек, из которых наиболее значительные Джергалан, Тюп, Джууку, Барскаун, Чон-Кызыл-Суу, Тон, Ак-Терек, Чон-Ак-Суу, Ак-Суу.

К бассейну оз. Балхаш относится только одна река Каркыра, протекающая на востоке республики и уходящая в Казахстан.

К бассейну р. Тарим относится юго-восточная часть территории республики. Здесь среди горных поднятий образуются реки Сары-Джаз и Чон-Узенгу-Кууш. По обширной высокогорной Аксайской долине течет одноименная р. Аксай с притоками. Все эти реки уходят за пределы республики в Китай.

По характеру режима (гидрографу стока) реки Кыргызстана относятся к тянь-шаньскому типу с двумя ярко выраженными фазами: весенне-летнего половодья и осенне-зимней меженью, причем в половодье отмечается два пика - весенний (апрель-июнь), связанный с периодом таяния сезонного снега в горах, и летний (июль-сентябрь), вызванный таянием ледников и снежников высокогорья.

Основным источником питания большинства рек являются сезонные снегозапасы в горах, но довольно существенную роль, а для некоторых рек превалирующую, играет ледниковое питание.

Потоки талой воды со снежных и ледяных вершин гор являются основной системой подпитки для среднеазиатских рек во время летнего периода. Упомянутый выше Отчёт указывает на уменьшение площади среднеазиатских ледников на 19% за период между 1957 и 1980 годами. Площадь ледников вокруг Иссык-Куля уменьшилась примерно на 8%. Если процесс таяния продолжится с такой же скоростью, то в будущем, примерно к середине 21 века, эти ледники исчезнут вообще.