В этом отношении главная проблема водных ресурсов в горах страны заключается том, что ограниченные водные ресурсы используются самым расточительным образом, уменьшается количество и ухудшается качество.

Основной причиной является неэффективное управление водными ресурсами в горных районах. В системе доставки и распределения воды происходят большие потери в связи с отсутствием обслуживания и ремонта. Более 90% горных водных ресурсов используется для орошения земель Кыргызстана и соседних стран. Потери воды в ирригационной системе составляют около 40%. Эта цифра превосходит цифру потребления воды всеми пользователями, т.е. домохозяйствами, промышленностью и др. Потери возникают из-за несоответствующей и устарелой ирригационной системы, а также из-за отсутствия надлежащего ухода за этой системой. Это также является и региональной проблемой, так как большинство горных водных ресурсов Кыргызстана используются соседними странами. В настоящее время Кыргызстана получает незначительную финансовую поддержку от соседних стран для содержания системы распределения воды.

Пользователи воды растрачивают воду зря потому, что непропорциональное использование воды не контролируется. До сих пор в домохозяйствах и на предприятиях нет водомеров и не введена оплата за количество использованной воды.

В сельском хозяйстве полевая ирригация расточительна. Это не только приводит к потерям воды, но и является причиной эрозии, ставшей следствием ирригационных мероприятий, так как 90% этих земель поливаются непропорционально.

С региональной точки зрения существует серьёзный конфликт, в связи с использованием воды соседними странами, особенно когда наступает время полива. Кыргызстан обладает самым большим водохранилищем в Центральной Азии (Токтогульское) (Рис. 6, 9), построенным в значительной степени для ирригации в летний период низовьев Кыргызстана и узбекской части Ферганской долины. В силу экономических проблем Кыргызстан особо рассчитывает на выработку собственной электроэнергии зимой при помощи гидроэлектростанций. Кыргызстан не в состоянии заменить электроэнергию, вырабатываемую ГЭС, другими видами энергоресурсов. Это приводит к сокращению уровня воды в водохранилищах (т.е. для использования в целях орошения в летний период). Также достаточный уровень воды должен оставаться летом для удовлетворения национальных потребностей в энергии зимой. Ситуация сложная и может являться источником регионального конфликта.

Вода из горных районов Кыргызстана обеспечивает ирригацию равнин Узбекистана и Казахстана. Раньше Кыргызстан получал взамен газ и нефтепродукты из этих стран. Теперь, после распада Советского Союза, этим странам необходимо заключить равноправные международные договоры по региональному распределению и управлению этими ресурсами. Региональная стратегия является фундаментальной для решения этой проблемы.

Питьевая вода в основном поставляется из подземных водных источников, но уже существуют предпосылки к ухудшению качества этой воды. Проникновение токсичных материалов из существующих и старых мест добычи несут угрозу водным ресурсам. К тому же домохозяйства, предприятия и сельскохозяйственный сектор транжирят водные ресурсы, а утечки из муниципальных мусорных захоронений их загрязняют. Уменьшение растительного покрытия в водоразделах из-за выкорчёвывания деревьев и культивации неподходящих земель ведёт к эрозии почвы и заилению водораспределительной системы, что так же влияет на качество воды. В дополнение, качество воды не регулируется так, как следовало бы, а государственная система контроля загрязнения воды неэффективна.

В природном отношении Центральная Азия представляет собой единую территорию. Это единство обеспечивается, прежде всего, двумя основными речными системами - Амударьей и Сырдарьёй. Водные ресурсы, их распределение во времени и пространстве являются важнейшим, определяющим фактором в экономике и экологии этого региона на современном этапе, они же были основной базой, на которой сложились древние цивилизации Центральной Азии.

В настоящее время границы бывших союзных республик Центральной Азии превратились в государственные границы. Многие природные ресурсы оказались по разные стороны границ, и требуется разработка новых современных правил их эффективного и рационального использования. Взаимосвязи единого в недавнем прошлом хозяйственного механизма также нарушены. В экологическом аспекте возникли такие ситуации, когда источники и потоки загрязнения и места их аккумуляции, относящиеся ранее к единому союзному производственному механизму, теперь оказались расположенными на территории различных государств, и возникла необходимость разработки совместных проектов, планов и межгосударственных подходов к управлению ими.

Экологические проблемы возникают как следствие взаимодействия природы и общества. Большая часть центральноазиатских проблем следует из основных черт географии района: очень высокие, относительно хорошо увлажненные горные системы непосредственно соседствуют с обширными пустынями, холодными зимой и очень жаркими летом. Между этими двумя различными территориями располагаются плодородные межгорные долины и подгорные равнины - основа сельского хозяйства всего региона, главный ареал экономической деятельности и высокой плотности населения. Жизнь на подгорные территории Центральной Азии и Китая приносят берущие свое начало в горах Кыргызстана реки: Аму-Дарья и Сыр-Дарья, Талас, Тарим, Чу, и их многочисленные притоки. Вода всех этих рек используется на орошение, а ее остатки теряются в пустыне или в концевых озерах, включая самое крупное из них - Аральское море.