Леса сохранились главным образом в горной части Баймакского района. Основные лесообразующие породы: береза повислая (Betula pendula), береза пушистая (B.pubescens), осина (Populus tremula), сосна обыкновенная (Pinus sуlvestris), лиственница сибирская (Larix sibirica), ольха черная (Alnus glutinosa), ольха серая (A. incana), ива белая (Salix alba), тополь черный (Populus nigra). Леса Баймакского района приурочены к горным склонам, долинам рек и ручьев и болотным ландшафтам.

Вершины и склоны водораздельных хребтов, сосредоточенных в центральной и северной части района, покрыты вторичными березовыми и осиновыми лесами, пришедшими на смену богатым травяным сосново-лиственным лесам. Наиболее широко распространены леса ассоциации Calamagrostio arundianaceae-Laricetum sibiricae Schubert et al. 1979 ex. Mirkin et Solomеtch 1990, союза Lathyro-Quercion Solometch et al. 1989, порядка Quercetalia pubescentis Br.-Bl. 1931, класса Querco-Fagetea Br.-Bl. et Vlieger in Vlieger 1937. В травяном ярусе этих лесов преобладают Calamagrostis arundinacea, Brachypodium pinnatum, Rubus saxatilis, Seseli libanotis и др. (Крашенинников, Кучеровская-Рожанец, 1941; Крашенинников 1954; Schubert et al, 1979; Соломещ и др., 1988; 1994).

В долинах рек и ручьев произрастают мезофитные широколиственные леса, в древесном ярусе которых доминируют ольха серая и черемуха. Они относятся к ассоциациям Аlnetum incanae Ludi 1921 и Humulo-Padetum Solometch in Кhaziakhmetov et al. 1989 союза Alno-Padion Knapp 1942 порядка Fagetalia Paul. 1928 класса Quereo-Fagetea.

В поймах рек Сакмара и Урал встречаются заросли ивово-тополевых лесов и кустарников с доминированием Salix alba, Populus nigra, Salix viminalis, Salix triandra. Они относятся к сообществам класса Salicetea purpureae Moor 1958.

Растительность заболоченных лесных болот представлена сообществами класса Alnetea glutinosae Br.-Bl.et Tx.1943. В сообществах заболоченных лесов в древесном ярусе доминирует Betula pubescens и Alnus glutinosa. В травяном ярусе этих сообществ доминируют осоки - Carex cespitosa, C. juncella и др.