Пробы воды отбирались из струй, стекающих со сводов или стен пещеры в разных ее точках. Результаты анализов показывают . что воды в пещере относятся к обычным карстовым с гидрокарбонатным-кальциевым составом. средней минерализации 365 мг/л. Точки отбора проб указаны на рисунке Выделяются две группы анализов : одна в Галерее Сказок ( пробы 1-8 ) со средней минерализацией 0,4 г/л и другая в Обвальном зале или Зале Перестройки ( пробы от 9 -15 ) со средней минерализацией 0,35 г/ л. В первом случае средняя мощность перекрывающих пород составила 16,7 м, глубина от поверхности 25,6 м, во втором 33 и 36 м соответственно . Таким образом отмечается снижение минерализации с увеличением глубины и мощности перекрывающих пород. Соответственно минерализации изменяется агрессивность подземных вод по отношению к кальциту. В первой группе все воды слабо перенасыщены - индекс насыщения колеблется от +0,02 до + 0,19 , во второй группе воды в основном недонасыщены, индекс насыщения изменяется от - 0,08 до +0,08 . Распределение агрессивности подземных вод соответствует распределению натечных образований внутри пещеры ( в верхнем этаже ) . Так , большая часть натечных образований сосредоточена в галерее сказок, в то время как и в Обвальном зале имеются участки аккумуляции карбонатного материала в виде крупных сталактитов , сталагмитов, гуров, так и участки коррозионного выщелачивания.

Температура подземных вод изменяется весьма незначительно, как в разных точках пещеры так и во времени . Так , 16 июля 1992 года температура воды в разных точках пещеры изменялась от 8,4 до 8,5 гр.С ( при температуре воздуха 9,2 - 8,6 гр.С) .Другой замер, 11 сентября, показал, что температура воды в тех же точках : 8,3 - 8,6 гр.С ( температура воздуха 9,2 до 8,8 гр.С).