Платежи за пользование недрами, акваторией и участками морского дна устанавливаются в соответствии с Законом РФ «О недрах». Они включают:

§ платежи за право пользования, разведку, добычу полезных ископаемых, строительство подземных сооружений (не связанных с добычей полезных ископаемых), захоронение вредных веществ;

§ отчисления пользователей недр на воспроизводство минерально-сырьевой базы;

§ акцизные сборы;

§ сборы на выдачу лицензий на недропользование.

Платежи за право пользования недрами (роялти) устанавливаются в зависимости от экономиче­ской оценки и качества месторождений полезных ископаемых и определяются как процентная доля от стоимости добытого минерального сырья (точнее, валовой выручки). Эта процентная доля дифференцируется. Для нефтяных компаний она составляет от 6 до 16% при среднем уровне в 8%. Величи­на платежей закрепляется в лицензионном договоре.

Плата за недра поступает в бюджеты различных уровней. Порядок централизации средств и их распределения между бюджетами зависит от вида недропользования. Например, при добыче так на­зываемых общераспространенных полезных ископаемых (песок, гравий, глина, торф и т.п.) 100% ро­ялти поступает в местные бюджеты. При добыче не общераспространенных полезных ископаемых пропорция распределения платежей между федеральным, региональным и местными бюджетами со­ставляет, соответственно, 25, 25 и 50%. Платежи за пользование недрами континентального шельфа поступают в региональный бюджет (60% от общей суммы среды) и федеральный бюджет (40%).

Отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы осуществляются пользователями недр, добывающими все виды полезных ископаемых, разведанных за счет государственных средств. Эти от­числения тоже по сути имеют налоговую форму. Они устанавливаются по единым ставкам для всех пользователей недр, добывающих данный вид минерального сырья, в процентах от так называемой чис­той выручки (стоимость добытого сырья за минусом НДС и акцизов). Процентная доля может меняться в соответствии с вносимыми в законодательство изменениями. Так, в середине 90-х годов российские нефтяные компании вносили 10% от чистой выручки в виде налога на воспроизводство минерально-сырьевой базы. Отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы являются элементом издер­жек производства горнодобывающих предприятий и включаются в себестоимость их продукции. От­числения направляются в федеральный бюджет и бюджет субъектов Российской Федерации и исполь­зуются по целевому назначению для финансирования работ по государственному геологическому изу­чению недр и воспроизводству минерально-сырьевой базы. С этой целью в составе бюджетов утвер­ждаются соответствующие федеральные и региональные государственные программы.

На отдельные виды минерального сырья, добываемого из месторождений с относительно лучши­ми горно-геологическими и экономико-географическими характеристиками, законодательством Рос­сии предусмотрено введение акцизов. В настоящее время акцизы установлены в частности на нефть, включая газовый конденсат. Ставки акцизов вводятся Правительством РФ с последующей индекса­цией. Так, акциз на природный газ впервые был введен в 1993 г. в размере 15% от стоимости реали­зованного раза газосбытовым предприятием непосредственным потребителям. С 1 сентября 1995г. ставка акциза была повышена до 30%. Акциз аналогичным образом взимается при реализации нефти и газового конденсата, а также природного газа на экспорт. Все разновидности акцизов поступают в бюджеты.

Имеет определенные особенности механизм платного недропользования для предприятий, осу­ществляющих свою деятельность в соответствии с Федеральным законом «О соглашениях о разде­ле продукции» (1995 г., с изменениями и дополнениями от 7 января 1999 г.). Этот закон призван обеспечить правовые гарантии и стимулировать привлечение дополнительных инвестиций, в том числе иностранных, в поиск, разведку и добычу минерального сырья на территории Российской Федерации, континентальном шельфе и в пределах ее исключительной экономической зоны, а также в проведение природоохранных мероприятий. С этой целью в течение срока действия соот­ветствующего соглашения инвестор освобождается от взимания налогов, сборов, акцизов и иных обязательных платежей, за исключением налога на прибыль, платежей за пользование недрами, обязательных платежей по социальному и медицинскому страхованию, а также в Государственный фонд занятости населения РФ. Взимание этих налогов, сборов и платежей заменяется разделом продукции на условиях соглашения.

Платежи за пользование лесным фондом в соответствии с Лесным кодексом РФ имеют две ос­новные разновидности: 1) лесные подати; 2) арендная плата.

Лесные подати взимаются при краткосрочном пользовании участками лесного фонда, арендные платежи - в случае их аренды. Отметим сразу, что в России пока преобладают среднесрочные дого­воры аренды на срок до 5 лет, что не создает заинтересованности в проведении арендаторами лесовосстановительных мероприятий. Ставки лесных податей устанавливаются либо за единицу лесного ресурса, либо (по отдельным видам лесопользования) - за гектар находящихся в пользовании участ­ков лесного фонда. Арендная плата определяется на основе ставок лесных податей. При установле­нии ставок платы за древесину, отпускаемую на корню (лесных податей), значительными правами обладают субъекты Российской Федерации. Централизованно Правительством РФ определяются лишь минимальные ставки этих платежей.