Главная проблема заключается в том, что охрана территорий не осуществляется эффективно и получает недостаточную поддержку, что препятствует сохранению биологического многообразия и, следовательно, благополучию людей. В районах, не являющихся охраняемыми, природное многообразие намного более зависимо от человеческой деятельности, которая подвергает их в Кыргызстане риску истощения, в результате охоты, рыболовства, сбора плодов и туризма.

За исключением заповедной биосферы, окружающей озеро Иссык-Куль, и заповедников Западного Тянь-Шаня (получающих поддержку CEF/ Всемирного Банка и проектов программы TACIS), в управлении охраняемыми районами наблюдается недостаточное применение концепции буферных зон. Эта проблема имеет непосредственное отношение к вопросу о недостаточной мере вовлечённости местного населения в дело планирования деятельности охраняемых районов и управления ими.

Зачастую попытки сохранения биологического многообразия терпят неудачу из-за недостаточной поддержки местного населения. Эта неудача может быть уменьшена посредством вовлечения всех долевых участников во все этапы планирования деятельности охраняемых территорий и принятии решений в управлении ими. В настоящее время охраняемые территории в Кыргызстане чаще всего находятся в местностях, подверженных меньшему влиянию населения.

В настоящее время охраняемые территории сами по себе приносят очень маленький доход. Кроме того, у правительства мало средств для вложения в управление охраняемыми территориями. В результате труд работников заповедников оплачивается по низким ставкам, с частыми задержками, что толкает их на злоупотребление своим служебным положением.

На охраняемых и неохраняемых территориях браконьерство, угрожающее исчезновением многих видов животных, имеет место по трём основным причинам:

1. из-за действий неимущих сельских жителей, вынужденных добывать средства к существованию,

2. из-за коммерческой деятельности, осуществляемой преимущественно богатыми городскими жителями,

3. вследствие охотничьей деятельности местного уровня.

Браконьерство для обеспечения средств к существованию нелегко поддаётся контролю, так как работники заповедников часто проживают в тех же населённых пунктах, что и правонарушители, а нужда местного населения часто не подлежит сомнению, поэтому наложение штрафов оказывается сложным.

Низкая зарплата работников охраняемых районов, а также их собственные потребности в средствах к существованию делают их уязвимыми для получения взяток для разрешения неконтролируемой коммерческой охоты, рыболовства и сбора плодов. Кроме того, неэффективное правовое обеспечение охраны окружающей среды не способствует прекращению этих незаконных действий.

Недостаточная осведомлённость населения об экологических проблемах также способствует истощению ресурсов. Кроме того, недостаточная степень вовлечённости местного населения в планирование и управление заповедниками, а также недостаточно эффективное управление другими землями также вносит лепту в истощение ресурсов.

Для охраняемых и неохраняемых территорий существует дополнительная опасность при разработке новых шахт по добыче руды, а также в результате расширения туристической индустрии. Стратегия действий, административное и правовое регулирование деятельности новых промышленных предприятий в экологическом плане недостаточны и не применяются последовательно. Поэтому краткосрочные экономические блага, получаемые в ходе этой деятельности, могут иметь отрицательные экологические, экономические и социальные последствия в долгосрочном периоде. Уже существующие рудники также подвергают экосистемы риску, так как ведут к загрязнению водных ресурсов и истощению земли.