Замечательна и уникальна природа Сары-Челекского заповедника. Здесь прекрасно сочетаются ореховые леса с хвойными, столь необычными в этом жарком климате. Многочисленные небольшие озера с чистой водой и с живописными зелено-бархатными берегами придают этому месту особую прелесть и своеобразие.

На территории заповедника насчитывается 1071 вид деревьев, кустарников и травянистых растений. Господствующее положение занимают грецкий орех, фисташки, затем яблоки, абрикосы, груши, алыча. Орехоплодовые леса тянутся на многие километры. Здесь растут миндаль, виноград, рябина, боярышник, вишня, смородина, барбарис, ежевика, шиповник и другие плодовые кустарники. Обилие плодов и ягод, густые леса и кустарники, где всегда можно найти безопасное убежище, благоприятствуют обитанию животных.

Каратал-Жапырыкский заповедник

организован в 1994 году на площади 6 тыс. га. в лесных массивах на северных склонах хребта Карго. Он слагается из 2 небольших участков - северного и южного. В настоящее время существует в режиме комплексного заказника, и проводится работа по формированию заповедного статуса.

Сарычат-Эрташский заповедник

организован в 1995 году на площади 72 тыс. га. в верховьях реки Уч-Кёль. Его проектными задачами являются организация надежной охраны экосистем высоких гор и сыртов Внутреннего Тянь-Шаня, а также охрана и защита многочисленных животных: горных баранов, архаров, снежных барсов, бурых тянь-шаньских медведей, каменных куниц, манулов. Особенно много здесь редких хищных птиц, а на галечниках гнездится серпоклюв – редчайший горный кулик, занесенный в Красную Книгу Кыргызской Республики.

Заказники.

Заказники – наибольшая в Кыргызстане по своей суммарной площади категория особо охраняемых природных территорий. Они занимают 289,2 тыс. га. – более половины общей площади ООПТ. Территория заказников не исключается полностью из хозяйственного оборота. На ней запрещаются или ограничиваются (постоянно или временно) лишь отдельные виды хозяйственной деятельности. Заказники функционируют на постоянной основе и создаются для сохранения или восстановления отдельных компонентов природных комплексов, в связи с чем подразделяются на 4 группы: лесные, ботанические, зоологические и комплексные.

Биосферная территория Иссык-Кёль.

Биосферные резерваты признаны ЮНЕСКО в рамках программы «Человек и биосфера» как модельные ландшафты по внедрению долгосрочного экологически ориентированного образа жизни и хозяйствования. Исходным пунктом является подход, который, кроме экологических аспектов, соединяет вместе также и экономические, социальные, культурные и этнические аспекты. Концепция биосферного резервата представляет собой региональную модель зонирования с точно установленными функциями защиты, охраны и развития. Выделяются четыре зоны: ядерная, буферная, переходная и зона санации.

Территория Иссык-Кульского биорезервата занимает 43,1 тыс. км² и составляет 22 процента площади республики. На данной территории насчитывается 11 видов растений, занесенных в Красную Книгу Республики. Наиболее подвержена изменениям растительность прибрежной зоны, пастбищ и лесов.

В фауне беспозвоночных животных наиболее обильны моллюски, паукообразные, насекомые. Фауна наземных позвоночных представлена 335 видами. Земноводных здесь 3 вида, рептилий – 11, класс млекопитающих насчитывает 54 вида. Список птиц включает 267 видов. Три вида птиц внесены в Международную Красную Книгу. В Красную Книгу Кыргызстана внесено 9 видов зверей, 18 видов птиц и 12 видов насекомых.

На акватории озера в зимнее время собирается на зимовку 60 - 100 тыс. водоплавающих птиц (16 видов). Это послужило одной их причин включения части территории в список особо охраняемых водно-болотных угодий (Рамсарская конвенция).

В целях правового обеспечения биосферных территорий принят закон «О биосферных территориях КР» и внесены дополнения в закон «Об охране окружающей среды».