Горы Кыргызстана принадлежат главным образом к Тянь-Шанской горной цепи. Сравнительно меньшая часть Кыргызских гор расположена на Памире. Горы обуславливают сильную модификацию в местном климате. Высокая температура и засушливость долин в предгорьях, со средней температурой января 0ºС, и средней температурой июля, обычно превышающей 26ºС, и минимумом осадков 10 мм. В горах – низкие температуры и обильные осадки, со средней температурой января ниже -28ºС, температура июля остаётся на уровне ниже +6ºС, осадки в июле составляют 100 – 150 мм. В районах, расположенных на высотах более 3500 и 4000 м. располагаются многолетние снега и ледники.

В горах Западного Тянь-Шаня – самые обильные осадки, во многом благодаря западным ветрам (более 1000 мм. в год на больших высотах). На Северном Тянь-Шане осадки тоже обильные, однако, намного ниже, чем в горах Западного Тянь-Шаня. Чем дальше на юг, тем меньше осадков (Таримский бассейн СУАР). Лес появляется главным образом на высотах между 1000 и 2500 м., обычно на северных склонах гор, которые обдуваются западными ветрами и меньше нагреваются солнцем в летнее время. Ниже этого пояса климат слишком сухой, а выше – слишком холодный.

Большое разнообразие климатических условий в горах Кыргызстана благоприятствует биоразнообразию, являющимся ценным наследием для человечества и одним из главных ресурсов Кыргызстана. Чтобы защитить это биоразнообразие, почти 4% территории отведено для 86 охраняемых территорий (с различной степенью защиты). Большинство из них было создано в период Советской власти более 70 лет назад.

Несмотря на высокое ресурсное и эстетическое значение, горы приносят Кыргызстану ряд неудобств (плохая связь и труднодоступность территорий, нестабильность и трудность эксплуатации горных ресурсов), что делает страну, фактически и потенциально одной из беднейших в мире. Эта ситуация характерна и для других стран региона, например, для Таджикистана.

Высокогорная система Кыргызстана играет жизненно важную роль, в качестве естественного конденсатора влаги для Центральной Азии. Две главные горные цепи, часть которых располагается в Кыргызстане, Памир и Тянь-Шань, служат истоками двух главных рек региона: Аму-Дарьи, с её истоком в Таджикистане, и Сыр-Дарьи, с истоком в Кыргызстане. В этих горах объём осадков составляет от 600 мм. до более чем 2000 мм., 30% из которых выпадает в виде снега, а остальные – в виде дождя в период с мая по декабрь. Вследствие таяния снега и ледников объём потоков этих двух главных рек летом значительно выше. Эти реки обеспечивают 95% поступления воды в бассейн Аральского моря. Но даже кроме этих двух главных рек Кыргызстан, вместе с Таджикистаном, обеспечивает долинные реки всей Центральной Азии значительным количеством воды из многочисленных малых рек и речек.

Запасы воды могут рассматриваться как возобновляемые ресурсы, однако эти ресурсы ограничены. Общий объём запасов воды в ледниках Кыргызстана составляет от 44509 км³ до 51900 км³.

Реки Кыргызстана поставляют ежегодно приблизительно 50000 км³ воды в четыре бессточных бассейна Центральной Азии: Аральский (приблизительно третья часть всех водных ресурсов), Таримский, Иссык-Кульский и Балхашский бассейны. Так как городские центры и большинство орошаемых земель находятся в соседних странах, необходимость в передаче этих ресурсов и, следовательно, потенциальный конфликт на этой основе, между извлекающими выгоду долинными территориями и горными территориями, обслуживающими эти ресурсы, может перерасти в конфликт между странами. Такая потенциальная возможность конфликта в настоящее время существует между горными странами – Кыргызстаном и Таджикистаном, с одной стороны, и долинными странами – Узбекистаном, Казахстаном и Туркменией с другой стороны. В меньшей степени, но такие же проблемы возникают и в отношениях с Синцзянь-Уйгурским автономным округом Китая (СУАР).

Обладая большим запасом водных ресурсов, Кыргызстан играет ключевую роль в распределении воды в Центральной Азии и, следовательно, в региональной экологической социально-экономической стабильности и естественно заинтересован в заключении справедливых соглашений, чтобы компенсировать свои услуги в области водоснабжения, и регулирования стоков.

Кроме прямых затрат для обеспечения водой расположенных ниже территорий, надо обслуживать водохранилища и систему каналов, поэтому вопросы, относящиеся к воде, имеют прямое отношение ко всей системе землепользования в горных регионах. Не меньше проблем связано с разрушением лесного покрова, чрезмерным выпасом, почвенной эрозией, и утечкой ядовитых отходов горнодобывающей промышленности, т.к. всё это напрямую связано с объёмами расхода воды или качеством стока.