Воздействие человека на моря и побережья никогда не было столь сильным, как в наши дни. Добыча нефти и газа на шельфе разрушает места обитания морских млекопитающих и рыб. Загрязнение вод приводит к тому, что стойкие органические загрязнители накапливаются в животных. Браконьерство и нелегальный экспорт морепродуктов сокращают численность многих популяций, например, камчатского краба, трески, минтая. Птицы, в том числе такие редкие, как белоспинный альбатрос, гибнут, когда заглатывают крючки с наживкой, используемые при ярусном промысле.

Цель морской программы WWF, существующей с 1999 года - сохранить биологическое разнообразие российских морей при одновременном устойчивом развитии прибрежных районов.

Морская программа WWF охватывает, прежде всего, Берингово, Охотское, Японское, Баренцево и Белое моря.

Она работает над сохранением западно-тихоокеанской популяции серого кита, стремится к развитию системы морских заповедников и других резерватов, внедряет эффективные методы борьбы с незаконным, неучтенным и неконтролируемым выловом морских биоресурсов и снижения прилова морских птиц при ярусном промысле.

При помощи WWF создано одно из самых эффективных подразделений по борьбе с морским браконьерством - инспекторская группа заповедника «Курильский».

Кроме этого, WWF стремится к развитию в России добровольной экологической сертификации морского рыболовства по системе Морского попечительского совета (МSC) – признанного в мире экономического механизма перехода к неистощительному рыболовству - и разрабатывает проекты в области участия населения в управлении береговой зоной.

С 2006 г. начат большой проект по охране и развитию неистощительного использования тихоокеанских лососей на Камчатке.